El término contaminación alude al exceso en las concentraciones de elementos que de manera natural no suponen un riesgo, pero que en exceso provocan la alteración de su composición. Las plantas se alimentan de la materia orgánica presente en el agua, reduciendo su concentración y, de esta forma, la eutrofia. El diseño es variado; el agua se puede hacer transcurrir en lámina libre (flujo superficial) o por debajo del terreno, mediante lechos de gravas (flujo sub-superficial). Las especies de plantas utilizadas y el diseño dependen de los elementos que se requiera retirar del agua para su depuración.
Hemos desarrollado numerosos humedales artificiales como técnica de depuración. En el marco del proyecto LIFE Macrophytes se realizaron proyecto piloto en el Mediterráneo junto con la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos de la Universidad Politécnica de Madrid y el Ayuntamiento de Lorca. También hemos participado en la gestión de antiguos arrozales reconvertidos a humedales artificiales que depuran el agua de l’Albufera y además generan hábitats que albergan especies de aves, pequeños anfibios y reptiles en proyectos como el LIFE Albufera o el Interreg EcoSUSTAIN.
A través de proyectos de cooperación también se han desarrollado humedales artificiales en países como Filipinas, Colombia o República Dominicana.